Zaradi tega lahko gojišče vsebuje določene molekule, katerih fluorescenca bi lahko v določenih primerih interferirala s fluorescenco reagenta za detekcijo avtofagosomov.

Več avtofagosomov se nahaja v bližini jedra v primerjavi s področjem tik ob plazmalemi.

V raziskavi vpliva zahodne diete na ultrastrukturo hepatocitov smo potrdili prisotnost avtofagosomov, avtolizosomov in rezidualnih teles.

V principu je v teh pogojih količina zaznanih avtofagosomov premosorazmerna s stopnjo aktivacije avtofagije oz. avtofagnim pretokom.

V primeru preučevanja biogeneze avtofagosomov lahko sledimo označevalcem, ki so prisotni le na fagoforju (npr.

V odsotnosti plektina se poveča število avtofagosomov in avtolizosomov, zato sklepamo, da plektin v normalnih razmerah zavira avtofagijo v astrocitih.

Son in sod. so pokazali, da plektin vpliva tudi na zorenje avtofagosomov v epitelijskih celicah.

Slednji je v procesu avtofagije vezan na membrano avtofagosomov.

S tem je preprečena razgradnja avtofagosomalne vsebine, zato pride do kopičenja avtofagosomov v celici.

Relativno povečanje števila avtofagosomov je lahko zato posledica aktivacije avtofagije ali pa njene upočasnitve v fazah, ki sledijo nastanku avtofagosomov.

Posledično je bila fluorescenca ozadja močnejša od fluorescence reagenta za detekcijo avtofagosomov.

Po drugi strani pa smo opazili značilno zmanjšanje avtolizosomov (ne pa tudi avtofagosomov) v astrocitih brez plektina.

Plektin sodeluje tudi pri uravnavanju velikosti avtolizosomov, medtem ko ne vpliva na velikost avtofagosomov.

Namesto števila avtofagosomov v celicah raje zasledujemo avtofagni pretok ali fluks, ki je zanesljivejši pokazatelj stopnje aktivnosti avtofagije v celicah.

Mikrolipofagija je oblika razgrajevanja lipidnih kapljic, ki so jo opazili pri kvasovkah je neodvisna od avtofagosomov.

Mikroavtofagija je od avtofagosomov neodvisen proces, kjer lizosomi neposredno zajamejo vsebino citosola z invaginacijo svoje membrane.

Mikroavtofagija in s šaperoni posredovana avtofagija sta od avtofagosomov neodvisna procesa.

Mehanizmi uravnavanja velikosti avtofagosomov so večinoma še neraziskani.

Lahko pa pomeni, da se je zmanjšala fuzija avtofagosomov z lizosomi in s tem tudi proces avtofagije.