CLSM deluje tako, da ekscitacijski fotoni iz laserskega snopa najprej preidejo razširjevalec snopa laserske svetlobe, prečkajo ekscitacijski filter in zadenejo dikroično zrcalo.

V tem poglavju so obravnavani temeljni kompromisi in ključni parametri, ki jih je treba upoštevati pri optimizaciji meritev v odbojnem načinu CLSM.

Ker je svetlobni tok v CLSM pogosto zelo nizek, mora biti detektor izjemno občutljiv, imeti nizek šum in hiter odzivni čas.

Pri primerjavi deležev viabilnih hondrocitov v zakopanih in nezakopanih okončinah z metodo s CLSM pozimi prve 3 dni nismo ugotovili statistično značilnih razlik.

S CLSM metodo bi lahko prikazali površinsko topografijo biofilma ter dodatno izmerili razmerje med živimi in mrtvimi bakterijami na površini.

Rezultati raziskav, ki so uporabljali CLSM, so pokazali različno stopnjo nanoprepustnosti hibridnih plasti, ki jih tvorijo različni adhezivni sistemi.

Zaradi napak, ki so nastale pri avtomatskem štetju, smo se odločili, da štetje s CLSM izvajamo zgolj ročno.

Za slikovni prikaz površinske topografije adheriranih bakterij so uporabili konfokalno lasersko mikroskopijo (angl. confocal laser scanning microscopy - CLSM).

Razvili smo algoritme, ki so nam omogočili prostorsko kvantifikacijo količine celic ter nukleinskih kislin iz zajetih CLSM slik.

Analiza vzorcev hrustanca z metodo s CLSM je potrdila statistično značilno razliko v deležu viabilnih hondrocitov med dnevi.

Za doseganje zanesljivih in natančnih kvantitativnih meritev topografije površin z uporabo CLSM je ključna optimizacija merilnega procesa.

CLSM je fluorescenčna tehnika, zato smo izkoristili lastnost rekombinantnih sevov B. subtilis, ki konstitutivno izražajo fluorescentne proteine.

Morfološko dinamiko nastanka plavajočih biofilmov smo spremljali s konfokalno fluorescenčno mikroskopijo (CLSM) s časovnim zajemanjem slik.

Klasična konfokalna laserska skenirna mikroskopija (CLSM) tako danes predstavlja najpogostejšo in najbolj vsestransko obliko konfokalnega sistema.

Zadnji del teoretičnega pregleda (poglavji 2.4 in 2.5) je posvečen ključnim komponentam sistema CLSM, vlogi detektorjev in krmilne elektronike ter optimizaciji merilnega postopka.

Resonančni skener (angl. resonant scanner ) je različica klasičnega CLSM, zasnovana za bistveno hitrejši zajem slik.

Konfokalna laserska vrstična mikroskopija (CLSM) je orodje, s katerim analiziramo tridimenzionalno strukturo in debelino biofilma.

Zaradi višjih hitrosti, potrebnih pri vrstičnem zajemanju slike, se v CLSM sistemih pretežno uporablja ta način delovanja [33].

Zmogljivost CLSM je neposredno odvisna od natančnega delovanja, stabilnosti in medsebojne usklajenosti posameznih komponent.