Za sekvenciranje je na voljo več platform, ki so prilagojene različnim potrebam uporabnikov, sekvenatorji pa omogočajo hkratno sekvenciranje več milijonov fragmentov DNA.

Gre za visoko zmogljivo metodo sekvenciranja (angl. high-throughput), s katero lahko iz zbirke fragmentov DNA pridobimo veliko število kratkih zaporedij (odčitkov).

Močnejši kot je signal oddaljenih fragmentov DNA , močnejše so poškodbe dednega materiala in s tem genotoksičnost snovi , kateri so bile izpostavljene celice .

Hkrati pa z odkritjem opozarjajo , da dokazana prisotnost zelo kratkih fragmentov DNA lahko vpliva na razvoj in ohranjanje vnetja ob avtoimunih obolenjih .

Čeprav je metoda natančna, je tudi zamudna in draga, zato so jo postopoma nadomestile metode z in vitro namnoževanjem fragmentov DNA.

Zaradi velikosti človeškega genoma so raziskovalci v prvi fazi pripravili knjižnice prekrivajočih se fragmentov DNA v umetnih kromosomih kvasovke ali bakterij.

Pri tvorjenju gela se agarozni polimeri nekovalentno povezujejo, pri čemer nastanejo različno velike pore, ki omogočajo potovanje fragmentov DNA skozi gel.

Pri slednji gre za namnoževanje naključnih fragmentov DNA, ki so neznani, pri tem pa uporabljamo začetne oligonukleotide s poljubnim nukleotidnim zaporedjem.

Pogoje reakcije smo spreminjali toliko časa, da na poliakrilamidni elektroforezi nismo zaznali nespecifičnih fragmentov DNA, saj bi ti motili sekvenčno reakcijo.

Po zaustavitvi podaljševanja verige dobimo mnogo različno dolgih fragmentov DNA, ki jih s pomočjo kapilarne gelske elektroforeze ločimo glede na velikost.

PEG pri transformaciji deluje kot prenašalec, ki omogoča prehod tujih fragmentov DNA skozi celično membrano kvasovk in njihovo integracijo v genom.

AGE je metoda, ki temelji na ločevanju fragmentov DNA na osnovi njihove mobilnosti v agaroznem gelu pod vplivom enosmernega električnega toka.

Spreminjanje polaritete električnega polja v točno določenih časovnih intervalih omogoča natančno orientacijo in potovanje večjih fragmentov DNA v agaroznem gelu.

Razvili smo nov algoritem za kodiranje podatkov, ki nam omogoča uporabo vnaprej pripravljenih fragmentov DNA, za namen shranjevanja digitalnih podatkov.

Po končani sekvenčni reakciji dobimo mešanico različno dolgih fragmentov DNA, ki jih ločimo po velikosti z visoko-ločljivostno kapilarno elektroforezo.

Po izvedeni elektroforezi smo na gelu primerjali standardno lestvico fragmentov DNA s fragmenti, ki smo jih pridobili z restrikcijo plazmidov.

Gre za izotermalno, enoreakcijsko metodo, s katero je mogoče sočasno sestaviti več fragmentov DNA, ki imajo med seboj komplementarne konce.

Uspešnost ligacijske reakcije smo preverjali s pomočjo gelske elektroforeze, pri čemer smo uporabili 1 % agarozni gel, ki omogoča ločevanje večjih fragmentov DNA.

Zaradi relativne nezahtevnosti in fleksibilnosti pri povezovanju številnih fragmentov DNA so naštete metode postale priljubljene v sodobni molekulski biologiji.

Verižna reakcija s polimerazo je nepogrešljiva laboratorijska tehnika v molekularni biologiji, ki se uporablja za amplifikacijo specifičnih fragmentov DNA.