Homology-directed repair), je drugi najpogostejši mehanizem popravljanja dvojnih prelomov pri evkariontih, pri kvasovkah pa je to prevladujoči popravljalni mehanizem.

"Src homology 3") je superdružina domen, ki vežejo ligande z visoko vsebnostjo prolina.

Rel homology domain), ki je odgovorna za vezavo na DNA, dimerizacijo in translokacijo v jedro.

V tem primeru gre za popravljanje s homologno rekombinacijo ( ang. homology directed repair , HDR ) .

Daljša nukleotidna zaporedja pa so si npr. lahko podobna , ker vsa vežejo isti transkripcijski faktor ( Homology , 2010 ) .

Src homology 2 domaincontaining transforming protein A), ki deluje kot substrat za vezavo.

Rel homology domain, RHD), ki jim omogoča nastanek homo- ali heterodimerov.

Pri analogiji gre torej za podobnost , ki ni filogenetsko povezana ( Homology , 2010 ) .

Tak primer so moda in jajčniki pri moških in ženskah ( Homology , 2010 ) .

Src homology 3) in domeno GUK (angl. guanylate kinase).

Pleckstrin Homology) domene poveže z Akt, kjer poteče fosforilacija na treoninskem in serinskem ostanku.

Paralogna pa so posledica podvojitve gena znotraj genoma ( Homology , 2010 ) .

V fazah celičnega cikla G2/S lahko celica poskuša popraviti poškodbo tudi s homologno rekombinacijo (angl. homology-directed repair; HDR).

Proteinsko tirozinsko fosfatazo SHP-1 uvrščamo v poddružino citosolnih proteinskih tirozin fosfataz , ki imajo v svojem zaporedju dve domeni SH2 ( SCR homology 2 ) .

SOX2 je transkripcijski dejavnik, ki spada v družino proteinov SOX (SRY homology box).

Src družina tirozinskih kinaz je skupina signalnih proteinov, ki imajo 2 modula za prepoznavanje peptidov SH2 (angl.: Src homology 2) in SH3.

Kelch-like erythroid cell-derived protein with CNC homology (ECH)-associated protein 1).

MAGE homology domain) metaloproteinaza (angl. matrix metalloproteinase) ligaze MAGE RING (angl.

Ellis, Hopf formulae for the higher homology of a group, Bull.

" K homology"), ki prepoznajo zaporedja v tarčah enoverižne DNA ali RNA.