Čista bakterijska kultura omogoča natančno analizo virulence, določanje občutljivosti na antibiotike ter izvedbo genomske in proteomske analize izolirane bakterije.

Zato proteomske analize omogočajo dober vpogled v bakterijski proteinski profil, izražen v specifičnih razmerah.

Za potrebe proteomske analize je bilo razvitih veliko tehnik, med katerimi številne vključujejo uporabo mikronosilcev, mikroploščic in mikročipov.

V preteklosti so proteomske raziskave temeljile na identifikaciji in karakterizaciji proteinov, danes pa so zlasti usmerjene h kvantitativnim in primerjalnim analizam.

Trenutno znanje o viroidnih okužbah in poteku bolezni obsega fenotipske, metabolomske, transkriptomske in proteomske spremembe različnih vrst gostiteljskih rastlin in viroidnih vrst.

Treba bi bilo tudi izvesti podrobnejše proteomske študije produtkov odkritih genov, katerih funkcija in produkt niso znani.

Tako so rezultati proteomske raziskave še bolj relevantni in lahko več dejavnikov, ki bi sicer vplivali na proteinsko sestavo lista, izključujemo.

Rezultati proteomske analize so v skladu z našimi pričakovanji, da se bo proteinski profil tekom zaporednih šarž spreminjal.

Rezultate smo analizirali s primerjanjem števila spektrov, ki je uveljavljen postopek za analizo rezultatov proteomske analize brez označevanja.

Proteomske študije so orodje za boljše razumevanje kompleksih mehanizmov, ki se vzpostavijo v rastlini, izpostavljeni sušnemu stresu.

Proteomske raziskave soje v sušnem stresu niso omejene samo na korenine, temveč tudi na nadzemna zelena tkiva.

Proteomske raziskave jajčnih celic sesalcev so precejšen izziv, saj za tovrstne raziskave potrebujemo veliko število celic.

Proteomske metode med drugim omogočajo tudi uspešno analizo modificiranih proteinov in peptidov.

Proteomske analize več gliv so pokazale prisotnost encimov za razgradnjo celične stene.

Proteomske analize so v študijah pogosto izvedene in objavljene skupaj s transkriptomskimi, genomskimi ali metabolomskimi analizami.

Proteomske analize so pomanjkljive in o njihovih proteinih je znanega zelo malo.

Proteomske analize izvajamo z različnimi metodami, delimo pa jih na metodo ločevanja kompleksnih zmesi proteinov in metode za strukturno karakterizacijo polipeptidov.

Pri rezultatih proteomske analize lahko sklepamo, da je vključenost več rumenih listov v analizo, pomenilo prevladovanje proteinov, povezanih s senescenco.

Poleg tega so prosto dostopna tudi orodja za analizo podatkov visoko zmogljivih raziskav na nivoju genomov (transkriptomske, proteomske in interaktomske študije).

Poleg tega pa so proteomske raziskave ene ključnih pri identifikaciji in validaciji tarč v procesu razvoja novih zdravil .