Čeprav vse tri dioksigenaze katalizirajo isto pretvorbo, imajo zelo omejeno strukturno podobnost, različno zastopanost po tkivih in različno substratno specifičnost.

Za substratno specifičnost in velikost aktivnega mesta je odgovoren predvsem acil-vezavni žepek.

Za razliko od ostalih cisteinskih peptidaz (npr. kaspaz, legumaina) izkazujejo cisteinski katepsini širšo substratno specifičnost.

Visoka fleksibilnost, predvsem v okolici aktivnega mesta, povzroči nizko aktivacijsko entalpijo, nizko substratno afiniteto in visoko specifično aktivnost pri nizkih temperaturah.

Vhodna zanka omogoča vstop substratom v aktivno mesto, medtem aminokislinsko zaporedje oblikuje substratno votlino.

Ugotavljali smo optimalno pHobmočje, temperaturno območje, optimalne koncentracije raztopljenega kisika, zadrževani čas in starost blata ter substratno inhibicijo.

Ti motivi se med seboj razlikujejo, kar bi tudi lahko vplivalo na samo aktivacijo kot tudi substratno specifičnost.

Takšen vezavni žep zagotavlja inhibitorno konformacijo pri neaktivnem encimu ter hkrati določa substratno specifičnost v aktiviranem encimu.

TPR omogočajo interakcije s proteini, kar naj bi vplivalo na substratno specifičnost.

Substratno specifičnost encimskega ekstrakta smo preverjali z merjenjem ksilanolitične encimske aktivnosti na štirih substratih.

Substratno nespecifični izlivni mehanizmi so skoraj vedno zapisani v kromosomu.

Strukturne razlike med encimoma vplivajo na substratno specifičnost.

Sprememba na mestu različice povzroči znižano aktivnost encima, spremeni substratno specifičnost in vodi v akumulacijo toksičnih deoksisfingolipidov.

Seme je najbolje prekriti s tankim slojem komposta oziroma nežno biološko substratno zemljo , čeprav moramo fižol ali čebulo vseeno posaditi nekoliko globlje .

S primerjavo konstant specifičnosti za različne substrate lahko določimo substratno specifičnost, ki nam pove, kateri substrat se preferenčno veže v encim.

Regulatorni podenoti sta zadolženi za substratno specifičnost ter učinkovit prenos proteina v jedro proteasoma.

Regulatorni kompleksi so substratno specifični, delujejo kot vratarji pred jedrom proteasoma in vplivajo na proteolitično kapaciteto proteasoma.

Različne strukturne značilnosti so tako odgovorne za substratno specifičnost.

Predstavlja substratno votlino, t.j. aktivno mesto encima, kjer se dogaja oksidativna deaminacija substratov.

Predpostavlja, da je aktivno mesto encima že samo po sebi komplementarno strukturi substrata in s tem pojasnjuje substratno specifičnost encimov.