. Sekundarnom simbiozom se smatra preotimanje već formiranog hloroplasta od nedovoljno svarenog primarnog simbionta . Postoji analogno i tercijerna endosimbioza.

, a zatim se slobodno umnožavao u citoplazmi. Sledeći korak u napredovanju ovog odnosa bio je u izmeni membrane simbionta . Spoljašnja membrana je bila radikalno izmenjena time što je došlo do gubitka bakterijskih lipoproteina, kao i

Slično, kod mnogih grupa koje poseduju sekundarne plastide, postoji zadržana kao četvrta membrana i plazma membrana simbionta koja se nalazi između dvojne membrane hloroplasta i nekadašnje fagozomalne membrane. Kao i primarni, i sekundarni