sorodni izrazi in sinonimi v sodobni slovenščini, hrvaščini in srbščini
Podobnost besed in fraz med rezultati je odvisna od tega, kolikokrat se beseda
ali fraza pojavi v podobnem stavčnem kontekstu kot "anib".
Podobni izrazi in sinonimi za
Kliknite za poizvedbo
Primeri iz korpusa
Korpus Common Crawl
Common Crawl je korpus spletnih strani
Pri analizi ANIB se genomi najprej razrežejo na 1 kb dolga zaporedja in se parno primerjajo glede na tarčni genom.
Sevi iz določene vrste znotraj enega prostovoljca so se večinoma uvrstili v eno linijo, kar kaže na njihovo obstojnost pri prostovoljcih (ANIb ≥ 0,99).
Kar precejšno število genomskih skupin je bilo singletonov, kar pomeni, da ni imelo z nobenim izmed 565 genomov ANIb povprečne podobnosti genoma nad 95 %.
ANIB uporablja algoritem BLAST (orodje za poravnavo zaporedij nukleotidov in proteinov, angl.
Vrednosti ANIb med šestimi sevi nove vrste se v skoraj vseh primerih gibljejo med 97 in 98 %.
Zaradi potrebe po zmanjšanju redundance znotraj TETRA-ANIb genomsko koherentnih skupin, smo v vsaki izbrali po enega predstavnika.
Z ANIb smo naredili kontrolni pregled z genomi predstavnikov nastalih 195 skupin.
Zaradi potrebe po zmanjšanju redundance znotraj TETRA-ANIb skupin, smo v vsaki izbrali po enega predstavnika skupine.
ANIb je z izbranimi nastavitvami bolj občutljiv kakor ANIm, kar je pomembno predvsem pri nižjih vrednostih ANI.
Ugotovimo, da vrednost koeficienta TETRA 0,99 ustreza približno ANIb vrednosti 0,8, torej smo v preliminarnem presejanju vključili več kot dovolj sorodnih sevov.
Vse medsebojne vrednosti ANIb teh sevov so namreč višje od 95 %.
Potencialne vrste smo predhodno ugotovili z izračunom ANIb.
Vrednosti ANIb temeljijo na algoritmu BLASTn, ki za parno primerjavo potrebuje insilico razrez genoma v kose dolge 1020 nukleotidov.
Butyrivibrio fibrisolvens 16/4 ne ustreza sprejetim kriterijem za vrsto, z ostalimi predstavniki vrste ima namreč vrednosti TETRA<0,6 in ANIB<68 %.
Orodje PyANI je za obdelavo kontigov uporabljalo metodo ANIb, ki na podlagi BLASTn izvede proces lokalnih nukleotidnih poravnav med pari genomov.
Opazili smo, da je bila ANIb podobnost med sevoma P. copri zgolj 85 % in sicer pri 4449 % pokritosti genomov.
Rezultat je v obeh primerih (ANIB in ANIM) odstotek, ki pove, kakšna je povprečna identičnost nukleotidov skupnih odsekov DNA.
Metoda ANI temelji na parnih primerjavah genomov z različnimi algoritmi, med katerimi sta najbolj prepoznavna parametra ANIb in ANIm.
Sortiranje genomov v skupine je osnovano na rezultatih analize TETRA in ANIb (≥95 % podobnost).
Na podlagi rezultatov smo želeli ugotoviti kateri vrednosti ANIb ustreza vrednost TETRA koeficient 0,99.