Z vnosom novih ali prekinitvijo obstoječih genov s pomočjo konjugativnih transpozonov bi bilo mogoče preučiti funkcijo in vlogo bakterij v prebavnem traktu.

Večina konjugativnih transpozonov se v kromosom vključi povsem naključno, poznanih pa je nekaj elementov, za katere to ne velja.

To skupino transpozonov so poimenovali kaspozoni (ang. casposons) in so prva družina domnevno samosintetizirajočih transpozonov, odkritih v prokariontih.

Tetraciklin v nizkih koncentracijah stimulira prenos , mobilizacijo in gibanje transpozonov in plazmidov .

RNAi varuje celico pred transopzoni z degradacijo transkriptov transpozonov in na način , da preko formacije heterokromatina prepreči ekspresijo transpozonskih elementov .

RNAi mehanizem ima pomembno vlogo pri utišanju transpozonov, obrambi celic pred virusi, regulaciji heterokromatina in posttranskripcijskem utišanju genov.

Pri prenosu mobilizirajočih transpozonov sprožijo tudi njihov izrez iz kromosoma in tvorbo krožnega intermediata.

Prenos konjugativnih transpozonov poteka tako, da se izrežejo iz kromosoma gostitelja, prenesejo s konjugacijo v drugo celico in vključijo v kromosom prejemnika.

Predvsem je pomembno odkritje konjugativnih transpozonov v anaerobnih bakterijah prebavnega trakta, katerih genetika je slabo poznana.

Pomanjkanje metil donorjev ali inhibicija metiltransferaze, vodi do aktivacije transpozonov.

Nekatere piRNA izhajajo iz daljših zaporedij transpozicijskih elementov - zrele molekule piRNA se zato lahko parijo z mRNA prepisi transpozonov.

Mobilizirajoči transpozoni so elementi, ki se vključijo v kromosom, vendar je njihov prenos v drugo celico odvisen od konjugativnih transpozonov.

Izmenjava smerne in protismerne piRNA med obema vrstama organelov ojača in pospeši degredacijo transkriptov transpozonov .

Integraze skoraj vseh konjugativnih transpozonov (razen transpozonov iz klostridijev) spadajo v družino lambdoidnih fagnih integraz, ki so podskupina tirozinskih integraz.

Geni se lahko prenesejo tudi preko infekcije z bakteriofagom (transdukcija) ali preko plazmidov in konjugativnih transpozonov (konjugacija).

Določevanje zaporedij mnogih rastlinskih vrst je izboljšalo tudi razumevanje vloge podvojenih regij in transpozonov znotraj genoma.

Dejstvo je, da v prevotelah še vedno ni znanih delujočih konjugativnih transpozonov.

Druga posledica premikanja transpozonov po genomu je možnost mutacije ali delecije obstoječih genov, kar ponovno povečuje genetsko raznolikost.

Poleg mutacij lahko celica pridobi novo genetsko informacijo tudi s prenosom dednega materiala preko plazmidov ali transpozonov .

Oba tipa transpozonov sta lahko avtonomna ali neavtonomna , kar pomeni , da se lahko v prvem primeru prosto premikata po genomu .