Zmožnosti za ubikvitinacijo so omejene s količino prostega ubikvitina in aktivnosti encimov , ki so vpleteni v ubikvitinacijo oziroma deubikvitinacijo histonov .

Zaporedje reakcij, ki zagotovijo vezavo ubikvitina na protein se imenuje ubikvitinacija.

Vezavo ubikvitina na substrat omogoča zaporedje reakcij, ki se skupaj imenujejo ubikvitinacija.

Vezavi ene molekule ubikvitina sledi vezava večih molekul ubikvitina, s čimer nastane t.i. ubikvitinska veriga.

Vezava ubikvitina na protein poteka v treh korakih .

Veliko konstitutivnih promotorjev se pridobi iz genov aktina in ubikvitina rastlin.

Ugotovili smo, da je mest za vezavo ubikvitina zelo veliko.

Ubikvitin vsebuje sedem lizinov, na katere se lahko še naprej vežejo molekule ubikvitina in tako nastane poliubikvitiniran protein.

UBZ domena proteaze ima visoko afiniteto do ubikvitina in deluje kot splošen senzor za ubikvitinirane substrate.

Tvori se visokoenergijska tiol-esterska vez s karboksilnim terminalnim delom ubikvitina.

Tukaj se tvori izopeptidna vez med terminalnim delom ubikvitina ter substratom.

Tudi drugih molekularnih poti v sinapsah ne gre zanemariti, npr. nekroze in poti, odvisne od ubikvitina.

To je specifičen in visoko selektiven proces, v katerem se na tarčni protein pripne ena ali več molekul ubikvitina.

Ti geni so obogateni za od ubikvitina odvisne procese razgradnje, aktivnost ubikvitinske ligaze, znotrajcelični prenos beljakovin in vzdrževanje matičnih celic.

Tako vezane molekule ubikvitina so signal za razgradnjo v proteasomu.

Substrati za proteasomsko razgradnjo so predhodno označeni s kovalentno vezanimi molekulami ubikvitina, majhnega proteina, ki se nahaja v večini tkiv evkariontskih organizmov.

Sprva preverimo kontroliranje manjšega ubikvitina z eksplicitno rotacijsko metodo.

Signal za razgraditev v proteosomu je na protein zaporedno vezanih več molekul ubikvitina .

Proteini z vezavo več molekul ubikvitina pridobijo ustrezen signal, potreben za razgradnjo v proteasomu.