Trajektorijo bomo nato analizirali s pomočjo programa LigandScout, v katerem bomo generirali strukturne farmakoforne modele in analizirali vrsto in pogostost tvorjenih interakcij.

V programu LigandScout smo izvedli virtualno rešetanje pripravljene knjižnice spojin, povezanih s proizvodnjo plastične embalaže na treh farmakofornih modelih.

V programu LigandScout je mogoče grafično predstaviti kemijske značilnosti ligandov in vezavnega mesta ter analizirati interakcije med njima.

Analizo simulacije molekulske dinamike s farmakofornim modeliranjem na osnovi strukture kompleksa protein-ligand smo izvedli v programu LigandScout.

V programu LigandScout smo iz seznama izbranih spojin ter posameznih razredov pripravili knjižnico spojin za proučevanje.

Nato so s pomočjo programa LigandScout generirali farmakoforne modele in rešetali interno knjižnico komercialno dostopnih spojin.

Tudi v tem primeru smo analizo trajektorije simulacije molekulske dinamike izvedli s farmakofornim modeliranjem v programu LigandScout in dobili 1000 farmakofornih modelov.

Od tod smo vezane ligande v obliki sdf formatov izvozili v LigandScout, kjer smo generirali farmakoforne modele nekaterih najbolje ovrednotenih ligandov (16, 17).

S programom LigandScout smo tudi dodatno ovrednotili medmolekulsko prepoznavanje generiranih sidranih konformacij, ki sta prikazani na zgornji sliki 22.

Vsako molekulo smo sidrali desetkrat v definirano aktivno mesto in rezultate sidranj vizualizirali in analizirali s programom LigandScout (46).

Pregled najbolj pogosto uporabljenih farmakofornih elementov v farmakofornih modelih, prikazanih s programom LigandScout.

Kasnejšo vizualizacijo vezavnih geometrij in preostalo analizo rezultatov sidranja smo opravili s programom LigandScout (38).

Slika 6 prikazuje shemo priprave knjižnice za virtualno rešetanje dobavljivih spojin s programom LigandScout.

Strukturno podprte farmakoforne modele in analizo trajektorije molekulske dinamike smo izvedli v programu LigandScout 4.4.7.

S pomočjo programa LigandScout (27) smo tako identificirali sledeče interakcije, ki so prikazane na sliki 7.

Najbolj popularen program za takšno farmakoforno modeliranje je prej omenjeni LigandScout.

Dobljene vezavne konformacije smo nato s programom LigandScout vizualizirali ter primerjali.

Analizirali smo dejavnike, ki vplivajo na VUFM, vrednost ujemanja z elementi farmakofornega modela, ki ga program LigandScout priredi posameznim zadetkom virtualnega rešetanja.

V programu LigandScout lahko virtualno rešetanje zaženemo v grafičnem vmesniku v kategoriji Screening ali pa v ukazni vrstici z ukazom iscreen.

Za pripravo farmakofornih modelov, ki temeljijo na strukturi ligandov, smo v programu LigandScout proučevane spojine vnesli v obliki SMILES zapisa.