Program MaxQuant ne omejuje dolžine peptida, ampak namesto tega uporablja prag največje mase, ki ponuja drugačen način za omejevanje kompleksnosti peptida.

Poleg tega se podaljša čas obdelave zaradi česar nismo uspeli dokončati analize za program MaxQuant na celotnem proteomu z dodanimi modifikacijami.

Ko gre za modifikacije peptidov, primerjava kaže, da program MaxQuant privzeto omogoča največjo prilagodljivost s podporo do petih modifikacij na peptid.

Program MaxQuant je našel najmanj različnih peptidov, kar je lahko tudi vzrok za manjše ujemanje identificiranih peptidov s preostalima programoma.

MaxQuant je programski paket za proteomiko, zasnovan za analizo velikih naborov podatkov MS z namenom identifikacije in kvantifikacije proteinov.

Ugotovimo, da smo za vse načine iskanja dobili enake rezultate (preglednica 13), razen za program MaxQuant, kjer smo izvedli iskanje proti celotnemu proteomu.

"Edinstveni" peptidi v programu MaxQuant predstavljajo skupno število peptidov, ki so povezani s samo eno skupino proteinov.

Rezultate smo računalniško analizirali s programsko opremo MaxQuant verzije 1.6.3.4 [44] za analizo vzorcev brez označevanja s kvantifikacijo z metodo štetja spektrov (spectral counting).

Poleg teh dveh programov so avtorji primerjali še program MaxQuant, ki je bil slabši v vseh primerih [31].

Orodje MaxQuant ponuja širok nabor modifikacij in mutacij, ki jih lahko vključimo v iskanje.

Program MaxQuant ni identificiral mutiranega peptida, ki sta ga našla oba druga programa.

AlphaPept uporablja maksimalno število niti, medtem ko MaxQuant uporablja privzeto štiri niti.

Kvantitativna analiza glikoproteinov s programom MaxQuant je bila opravljena z vsemi 16 (vzorci stebel) oz.

Tudi v datoteki 72_452 program MaxQuant ni identificiral največ peptidov, ko so jih hkrati našli ostali trije programi.

V drugem delu smo izotopsko označene proteine iz stebel pri kultivarju Tiber v suši uporabili za kvantitativno analizo s programom MaxQuant.

V podatkih MaxQuant-a smo izločili podatke o lažnih zapisih.

Kvantifikacije N-glikopeptidov iz spektrov ni bilo možno natančno opraviti, zato smo za kvantitativno obdelavo vzorcev uporabili program MaxQuant.

Ker N-glikopeptidov iz spektrov ni bilo možno natančno ročno kvantificirati, smo za kvantitativno obdelavo vzorcev uporabili program MaxQuant.

Vsem peptidom, ki jih je identificiral MaxQuant in so vsebovali Cys, smo na tem mestu pripisali modifikacijo karbamidometilacijo.

Uporabili smo podatkovno tabelo za proteinske skupine (ProteinGroup), ki smo jo dobili kot rezultat analize s programom MaxQuant.