Vzrok za takšno razpršenost lahko pripišemo tudi metodi TRFLP, ki podaja dendrograme podobnosti mikrobne združbe na podlagi podobnosti profilov ločevanja restrikcijskih fragmentov.

S TRFLP so uspeli razbrati enake podobnosti oziroma razlike med mikrobnimi združbami štirih vzorcev tal, kot so jih ugotovili z analizo knjižnic.

To je razvidno iz dendrograma podobnosti profilov TRFLP tako bakterijskega kot arhejskega dela mikrobioma, kar smo dodatno potrdili s statistično analizo.

Spoznali pa so, da metoda TRFLP ni primerna za ugotavljanje mikrobne bogatosti in enakomernosti zastopanosti predstavnikov mikrobne združbe v kompleksnih vzorcih.

Predpostavljamo namreč, da bi lahko z neokrnjeno informacijo o razlikah v strukturi mikrobnih združb z dejavniki okolja pojasnili več variance TRFLP.

Sposobnost razločevanja med mikrobnimi združbami s TRFLP temelji na razlikah v kratkih odsekih sekvenc s prepoznavnim mestom za restrikcijsko endonukleazo.

Predlagali so tudi, da bi s številom skupnih vozlišč različnih endonukleaz ocenjevali zanesljivost ugotovljenih razlik med mikrobnimi združbami s TRFLP.

Poleg različne pestrosti funkcionalne skupine nitrifikacijskih bakterij smo zaznali prisotnost nekaterih TRFLP pikov, ki niso bili skupni obema načinoma obremenitve.

Končni rezultati analize TRFLP kažejo, da se tudi arhejska mikrobna združba pod vplivom encimsko mikrobne mešanice ni statistično značilno spremenila.

Še bolj očitna razlika v TRFLP profilih med načinom obremenitve, se je pokazala z analizo funkcionalnega nitrifikacijskega gena amoA.

Zaradi neučinkovitega pomnoževanja arhejskega 16S rRNA gena s fluorescentno označenimi začetnimi oligonukleotidi, arhejske združbe nismo mogli analizirati s pomočjo metode tRFLP.

Zanimalo nas je ali lahko razlike v mikrobni združbi himalajskih vzorcev tal zaznamo tudi s TRFLP te regije.

S TRFLP analizo nismo dokazali, da bi dodano dehidrirano blato statistično značilno vplivalo na spremembo sestave arhejske združbe.

Povezava TRFLP s filogenetsko informacijo je torej mogoča le z uporabo začetnih oligonukleotidov specifičnih za ožje filogenetske skupine.

Pearsonov koeficient korelacije elektroferogramov TRFLP smo uporabili tudi pri primerjavi vzorcev s statistično metodo analize glavnih koordinat (angl.

Določanje mikrobne pestrosti in sprememb v sestavi smo izvedli z metodo polimorfizma dolžine končnih restrikcijskih fragmentov (TRFLP ang.

Vpliv okolja na mikrobno združbo so ugotavljali s profiliranjem združbe z metodo polimorfizma končnih restrikcijskih fragmentov (TRFLP).

Na spreminjanje sestave profilov TRFLP arhejskega mikrobioma dodatek različnih substratov z različnimi koncentracijami ni imelo večjega vpliva.

Demonstrirali so tudi uporabo koeficientov podobnosti TRFLP profilov, ki temeljijo na primerjavi prisotnosti in količine posameznih fragmentov.

TRFLP analiza je pokazala majhen vpliv dodane brozge V na sestavo arhejske združbe v bioplinskem reaktorju.