sorodni izrazi in sinonimi v sodobni slovenščini, hrvaščini in srbščini
Podobnost besed in fraz med rezultati je odvisna od tega, kolikokrat se beseda
ali fraza pojavi v podobnem stavčnem kontekstu kot "cmdock".
Podobni izrazi in sinonimi za
Kliknite za poizvedbo
Pogosto skupaj z
Primeri iz korpusa
Korpus Common Crawl
Common Crawl je korpus spletnih strani
Prva definira način iskanja vezavnega mesta, ki ga generiramo s programom cmcavity, druga pa protokol sidranja na vezavno mesto s programom cmdock.
Virtualno rešetanje s pomočjo CMDock je bilo izvedeno s pomočjo povezane znanstvene skupnosti slovenskih "znanstvenikov", ki bdijo nad spletno platformo covid.si.
V sklopu naše naloge smo uporabili le model za ocenjevanje najstabilnejše poze, ki smo ga vključili v protokol sidranja orodja CmDock.
Preiskali smo relevantne modele za molekulsko sidranje ter enega prilagodili in vključili v orodje CmDock s ciljem izboljšanja natančnosti molekulskega sidranja.
Vendar pa lahko na ta način delovanje poljubnega modela enostavno preizkusimo brez dodajanja večjih sprememb v izvorno kodo orodja CmDock.
Ocenjevanje poz s pomočjo nevronskih mrež med lokalno optimizacijo orodja CmDock je prepočasno, saj ta zaporedno generira in ocenjuje konformacije.
Edini deloma uspešen pristop je bil s ponovnim ocenjevanjem sidranih ligandov, ki jih dobimo ob koncu izvajanja orodja CmDock.
Ker orodje CmDock med sidranjem ne ohranja koordinat vodikovih atomov, bi bilo smiselno model naučiti brez njih.
GOLD namreč izvaja rigidno sidranje, CmDock pa tarči dopusti določen nivo fleksibilnosti aktivnega mesta (stranskih verig aminokislin).
Iz analize kontaktov terminalnega dela liganda, kjer je poza določena s cenilko CmDock (slika 6.4), je razvidna naklonjenost hidrofobnim kontaktom (naštejemo jih kar 12).
Orodje CmDock je bilo zasnovano za enostavno prilagajanje protokola sidranja z dodajanjem in odstranjevanjem modularnih transformacij.
Napačna postavitev poze, ocenjene s cenilko CmDock glede na kristalni ligand, je razvidna na sliki 6.3 (modro obarvan ligand).
Na ta način bi lahko ocenjevali poze neposredno znotraj orodja CmDock, brez uporabe zunanjega programa.
Spodaj so opisane transformacije orodja CmDock, kjer je ime enako imenu razreda njihove implementacije.
Vidimo lahko, da se poza izbrana s cenilko CmDock nahaja blizu referenčne poze.
Orodje CmDock omogoča nastavitev števila sidranih poz, ki jih želimo dobiti na koncu.
V tabeli 5 so predstavljeni rezultati virtualnega rešetanja s CMDock, ki sem jih analiziral naknadno.
Za vsak kompleks smo z orodjem CmDock sidrali 1000 poz, ki smo jih uporabili kot vhod za generiranje značilk.
Pri izbiri pravilne poze med najbolje ocenjeno pozo doseže 92 % uspešnost, medtem ko CmDock dosega le 77 % uspešnost.
V programu CmDock smo za definicijo kavitacije uporabili metodo referenčnega liganda.