sorodni izrazi in sinonimi v sodobni slovenščini, hrvaščini in srbščini
Podobnost besed in fraz med rezultati je odvisna od tega, kolikokrat se beseda
ali fraza pojavi v podobnem stavčnem kontekstu kot "pdbefold".
Podobni izrazi in sinonimi za
Kliknite za poizvedbo
Primeri iz korpusa
Korpus Common Crawl
Common Crawl je korpus spletnih strani
To pomeni, da orodje PDBeFold najverjetneje uporablja strožje kriterije za ugotovitev strukturnih podobnosti ter bolj konzervativen pristop za oceno statistične pomembnosti.
PDBeFold je orodje za primerjavo in poravnavo 3D struktur proteinov, ki uporablja metodo iskanja ujemanja sekundarnih struktur (angl.
PDBeFold je orodje za primerjavo 3D struktur proteinov, ki smo ga uporabili pri svojem delu.
Strukturne primerjave smo izvedli tudi z orodjem PDBeFold, ki je orodju Dali primerljivo orodje za izvajanje strukturnih poravnav.
PDBeFold uporablja metodo sekundarnega strukturnega ujemanja (SSM - angl.
Podobne pare proteinov, ki smo jih identificirali z orodjem Dali z iskanjem po zbirki PDB, smo primerjali še s primerljivim orodjem PDBeFold.
V prihodnje bi bilo smiselno vključiti še primerjave z drugimi bioinformacijskimi orodji za analizo 3D struktur, kot sta PDBeFold ali TM-align.
Tako izračunane vrednosti Z so pogosto višje od tistih, ki jih izračuna orodje PDBeFold.
Rezultate iz zbirke PDB bomo dodatno preverili z uporabo primerljivega orodja PDBeFold.
Če primerjamo rezultate orodja Dali z rezultati PDBeFold (slike 14-17), opazimo razlike v parametrih poravnave, podobno kot pri proteinu Bos d 4.
Analiza z orodjema Dali in PDBeFold je pokazala majhne razlike v vrednostih Q med obema orodjema kljub večjim razlikam v parametrih Z.
Stopnjo podobnosti na ravni primarnih zaporedij bomo določili z orodjem BLASTp, 3D struktur pa z orodjem PDBeFold.
Največje razlike opazimo pri vrednostih Z, ki so pri orodju PDBeFold precej nižje kot pri Dali.
Primerjavo 3D struktur proteinov iz hrane, ki navzkrižno reagirajo z Bet v 1, smo izvedli z orodjem PDBeFold.
Orodje PDBeFold jo izračuna, orodje DALI pa izpiše parametre, ki so potrebni za izračun po Enačbi 1.
V orodju PDBeFold smo s klikom na "Launch PDBeFold" odprli okno za vnos iskalnih parametrov.
Sklepamo, da so vrednosti Z, izračunane z orodjem DALI, v povprečju 2,0krat višje od vrednosti Z, izračunanih z orodjem PDBeFold.
S pomočjo orodja PDBeFold smo skupno pridobili 50 proteinskih parov, ki jih prikazujemo v Preglednici IX.
Analizo smo začeli tako, da smo njihove PDB ID vnesli v orodje PDBeFold in jih primerjali s celotnim arhivom PDB s 198545 vnosi.
Primerjava 3D struktur je bila izvedena s programom PDBeFold verzije: v2.59.