sorodni izrazi in sinonimi v sodobni slovenščini, hrvaščini in srbščini
Podobnost besed in fraz med rezultati je odvisna od tega, kolikokrat se beseda
ali fraza pojavi v podobnem stavčnem kontekstu kot "pfam".
Podobni izrazi in sinonimi za
Kliknite za poizvedbo
Pogosto skupaj z
Primeri iz korpusa
Korpus Common Crawl
Common Crawl je korpus spletnih strani
Spadata v družino proteinov, ki vsebujejo pfam00589 domeno, zato bi lahko bila encima integrazi.
Pfam je podatkovna zbirka z veliko kolekcijo proteinskih družin, pri čemer je vsaka predstavljena s poravnavo zaporedij reprezentativnih proteinov in HMM-profilom.
Podobnosti z domenami CC nismo zmogli določiti, saj zanesljive pfam poravnave za ta tip zaporedij niso na voljo.
Druga zelo pomembna lastnost je PFAM domena, torej prisotnost efektor specifične domene ali odsotnost domene, saj smo jih določili pri 91,5 % potrjenih efektorjev.
Večina proteinov sekretoma je imela napovedanih več PFAM domen hkrati, 299 proteinov pa ni vsebovalo nobene znane proteinske domene.
Po slednjem so tudi poimenovali novo družino proteinov , egerolizini , kamor prištevamo oba proteina ( Pfam . . . .
Na veliko raznolikost domenske arhitekture kažejo podatki podatkovne zbirke PFAM , kjer je zabeleženih 48 različnih arhitektur .
Z uporabo spletnega orodja Pfam 35.0 smo analizirali polipeptidna zaporedja genskih modelov in predvideli njihove proteinske domene.
Zasnovane genske modele smo analizirali z uporabo spletnega orodja Pfam 35.0 in predvideli njihove tipične proteinske domene.
Vseeno obstajajo izjeme, ki imajo druge PFAM domene, ki niso efektor specifične.
Na primer pri analizi 71 efektorskih proteinov jih je 8,5 % imelo efektor nespecifične PFAM domene.
Naše subjektivno opažanje je tudi , da je PFAM algoritem bolj specifičen in prepozna le domene z majhno E-vrednostjo .
Slika 11: Poravnava aminokislinskih zaporedij pripravljenih egerolizinov (spodnje štiri vrstice) z reprezentativnih naborom egerolizinskih zaporedij iz baze Pfam ('seed' nabor proteinov).
Podobno zmožnost specifične vezave z lipidi bioloških membran kažejo tudi proteini egerolizini (Pfam 06355).
Egerolizini (Pfam06355) so družina več kot 350 homologov proteinov prisotnih v glivah, rastlinah in nekaterih bakterijah.
Standardne baze, kot je Pfam, v njegovem zaporedju niso prepoznale nobenih znanih domen, kar nakazuje na specifičnost BlyB.
Če za primerjavo vzamemo HMM logo s spletne strani PFAM vidimo , da je na določenih mestih variabilnost večja .
V nadaljevanju smo ohranili genske modele z efektor specifičnimi PFAM domenami ali genske modele brez PFAM domen.
PFAM ali InterPro), vključenosti v biološke procese (npr.
Preiskovanje podobnosti v proteinskih bazah nakazuje na to, da aktinoporini oblikujejo posebno družino proteinov, citotoksine morskih vetrnic (NCBI: PFAM 06369).