sorodni izrazi in sinonimi v sodobni slovenščini, hrvaščini in srbščini
Podobnost besed in fraz med rezultati je odvisna od tega, kolikokrat se beseda
ali fraza pojavi v podobnem stavčnem kontekstu kot "reactome".
Podobni izrazi in sinonimi za
Kliknite za poizvedbo
Pogosto skupaj z
Primeri iz korpusa
Korpus Common Crawl
Common Crawl je korpus spletnih strani
Reactome je orodje, ki prikazuje glavne biološke poti z razvojno biologijo, metabolizmom in imunskim sistemom.
Po vnosu želenih parametrov smo v podatkovni zbirki Reactome odprli stran z informacijami o proteinu, ki ga kodira izbran gen.
Legenda: *, v podatkovni bazi Reactome navedenih več različnih transkriptov; krepko zapisano ime gena, partner, najden v obeh podatkovnih bazah.
Ker Reactome ne omogoča dodatnih sprememb za natančnejše iskanje, smo za analizo upoštevali vse odkrite partnerje za posamezen protein.
Analizo obogatenosti poti smo izvedli z uporabo baze podatkov Reactome pathway na celotnem setu identificiranih genov za posamezni vzorec.
Povzetek podatkov o zbirki REACTOME je naveden na spletni strani http://www.reactome.org/stats.html.
Orodje Reactome prikazuje glavne biološke poti, med katere spadajo razvojna biologija, metabolizem, imunski sistem in podobno.
S spletnim orodjem Reactome smo grafično prikazali vpletenost genov v glavne biološke poti.
Proteini, ki so bili najdeni tako v podatkovni bazi STRING kot tudi v podatkovni bazi Reactome, so označeni s krepko pisavo.
Dodatno je analiza obogatenosti poti Reactome pokazala, da sta signaliziranje z interlevkini in regulacija transkripcije metabolnih genov s TP53 glavni obogateni poti.
Za razumevanje interaktivne mreže proteinov opazujemo modre črte, ki označujejo povezavo dveh proteinov, preverjeno preko povezanih podatkovnih zbirk (Reactome, KEGG).
Orodje Reactome kaže, da je CSF2 vpleten še v sedem drugih poti, povezanih v glavnem s signalizacijo ter aktivnim imunskim odzivom.
Spletno orodje Reactome (Fabregat in sod., 2018) smo uporabili za prikaz vpletenosti genov iz zbirke v različne poti, mreže ter reakcije znotraj človeka.
S primerjavo imen med podatkovnima zbirkama KEGG in REACTOME smo ugotovili, da imata podatkovni zbirki enako poimenovanih le 17 metabolnih poti.
Za vizualizacijo obogatenih funkcionalnih poti pa smo uporabili podatke iz analize podatkovne zbirke Reactome "Reactome pathways enrichment".
Analizo bioloških poti, pri katerih sodelujejo predpostavljeni tarčni geni za miRNA smo izvedli z bioinformacijskim orodjem Reactome (verzija 65, junij 2018) (Fabregat in sod., 2018).
Obogatitveno analizo genov za določanje povezanih bioloških poti smo izvedli z orodjema ConsensusPathDB in Reactome.
Orodje Reactome prikazuje 26 glavnim bioloških poti, iz zbirke je sprejel 161 od 244 genov.
Prešteli smo število GSF-jev povezanih s preučevanimi boleznimi, ki so prisotni na metabolnih poteh iz podatkovnih zbirk KEGG in REACTOME.
Od tega je v zbirki KEGG 75 genov, ki sodelujejo v različnih bioloških poteh, v zbirki Reactome pa 83.