sorodni izrazi in sinonimi v sodobni slovenščini, hrvaščini in srbščini
Podobnost besed in fraz med rezultati je odvisna od tega, kolikokrat se beseda
ali fraza pojavi v podobnem stavčnem kontekstu kot "samtools".
Podobni izrazi in sinonimi za
Kliknite za poizvedbo
Pogosto skupaj z
Primeri iz korpusa
Korpus Common Crawl
Common Crawl je korpus spletnih strani
Z uporabo orodja samtools (ukaz markdup -r) smo odstranili tudi podvojene odčitke.
Z orodjem samtools (ukaz markdup -r) smo odstranili tudi podvojene odčitke.
Območja kartiranja odčitkov zaporedij sem indeksiral z ukazom samtools index.
Nova različica samtools zagotavlja " homozigotne bloke " , torej segmente , kjer je vzorec enak referenčnemu .
S pomočjo orodja samtools (43) smo datoteko .sam pretvorili v njeno binarno obliko, datoteko .bam s pripadajočo indeks datoteko .bam.bai.
Kakovost poravnave odčitkov je shranjena v obliki poročila, ki ga ustvari orodje samtools flagstat [43].
Razlike v zaporedjih smo ugotavljali z orodjem bcftools (v1.10) (https://samtools.github.io).
S programom SAMtools smo prav tako združili podatke iz dveh knjižnic, odstranili podvojene sekvence ter poiskali razlike med referenčnimi in sekvenciranimi genomi.
Z orodjem SAMtools smo nato odstranili odčitke, ki so se nalegali na humano referenco, kar pomeni, da so humanega izvora.
SAMtools je programska knjižnica in hkrati programsko orodje , ki nam omogoča nabor različnih pripomočkov za manipulacijo poravnav v SAM - oz.
S pomočjo verjetnosti , da je SAMtools 35 spremenila verjetnost , da je baza oslabljena , so bili iz poravnave klicani indel kandidati .
Samtools flagstat Datoteke sev.sam v direktoriju /direktorij_sam/sev, smo obdelali z ukazom "samtools flagstat".
Iz prileganja smo z orodjem samtools (ukaz samtools view -F3844 -f3) odstranili odčitke, ki se niso prilegali in niso dosegli nastavljene kvalitete.
Za analizo so bili v skladu s parametri STAR shranjeni samo pravilno seznanjeni odčitki ( z uporabo samtools 59 ) .
Z samtools depth (Danecek in sod., 2021) smo izračunali globino pokritosti na vsaki poziciji referenčne sekvence genoma.
S pomočjo orodja bwa mem (0.7.17-r1188) smo zaporedja primerjali z referenčnim izolatom E. coli, za postprocesiranje smo uporabili orodje samtools (v1.10).
Z orodjem SAMtools smo datoteko pretovorili v binarni format BAM, ki vsebuje identične informacije in je bolj primeren za nadaljnjo obdelavo.
SNP klicanje je bilo izvedeno s samtools / bcftools suite v. 1.2.1 ( Li et al. , 2009 ) za vsakega posameznika posebej .
SAMtools pa je paket programskih orodji, ki s pomočjo različnih ukazov manipulira s poravnanimi odčitki v SAM/BAM formatu.
Orodja SAM ( / / samtools.sourceforge.net/ ) in PINDEL ( / / gmt.genome.wustl.edu/packages/pindel/ ) so bila uporabljena za klicanje variant .